Có nhiều thuyết khác nhau về tên gọi Nhà Rồng:

• Có thuyết nói rằng vì trên nóc ngôi nhà trụ sở hãng vận tải Messageries impériales (từ năm 1871 đổi thành Messageries maritimes) tại Sài Gòn có gắn đôi rồng lớn bằng đất nung tráng men xanh.[2] Thuyết này phổ biến nhất.
• Một thuyết khác cho rằng khác là Nhà Rồng có nghĩa là Gia Long với Nhà là Gia, Rồng là Long, bến Nhà Rồng được người Pháp đặt để nhớ tới quan hệ của vua Gia Long với nước Pháp.[3] Thuyết này bị cho là thiếu căn cứ xác thực.

Một số tên gọi khác của Nhà Rồng cũng được ghi nhận lại như:

• Sở Ông Năm, vì tòa nhà do viên quan năm Pháp Domergue đứng ra chủ trì xây dựng.[4]
• Sở Canh tuần tàu biển, vì từ sau năm 1865 khi cột cờ Thủ Ngữ được xây dựng, có treo cờ hiệu giúp tàu thuyền ra vào cảng thuận tiện.

Tuy nhiên, tên gọi Bến Nhà Rồng vẫn là tên gọi phổ biến nhất.